構成員

特別研究員 伊東 真吾

学歴

2011年 名古屋大学 理学部 物理学科 卒業
2013年 名古屋大学 大学院理学研究科 物質理学専攻(物理系)修士課程 終了
2016年 名古屋大学 大学院理学研究科 物質理学専攻(物理系)博士課程 終了

研究歴

2016年 名古屋大学 大学院理学研究科 博士研究員
2018年 ボストン大学 化学科 博士研究員
2019年 理化学研究所 杉田理論分子科学研究室 特別研究員(現在に至る)

所属学会

日本生物物理学会

研究テーマ

  1. 分子動力学法による酵素反応機構の解明
  2. 自由エネルギー計算手法の開発
  3. 分子動力学パッケージの改良および開発

原著論文

  1. Water-mediated deracemization of a bisporphyrin helicate assisted by diastereoselective encapsulation of chiral guests.
    N. Ousaka, S. Yamamoto, H. Iida, T. Iwata, S. Ito, Y. Hijikata, S. Irle, and E. Yashima*
    Nat. Commum., 10, 1457 (2019).

  2. Quantum chemical replica-exchange umbrella sampling molecular dynamics simulations reveal the formation mechanism of iron phthalocyanine from iron and phthalonitrile.
    S. Ito, Y. Wang, Y. Okamoto*, S. Irle*
    J. Chem. Phys., 149, 072332 (2018).

  3. Implementation of replica-exchange umbrella sampling in GAMESS.
    S. Ito, D. G. Fedorov, Y. Okamoto*, S. Irle*
    Comput. Phys. Commum., 228, 152-162 (2018).

  4. Implementation of replica-exchange umbrella sampling in the DFTB+ semiempirical quantum chemistry package.
    S. Ito, S. Irle, Y. Okamoto*
    Comput. Phys. Commum., 204, 1-10 (2016).

  5. QM/MM free energy simulations: recent progress and challenges.
    X. Lu, D. Fang, S. Ito, Y. Okamoto, V. Ovchinnikov, Q. Cui*
    Mol. Sim., 42, 1056-1078 (2016).