メンバー構成員

JSPS特別研究員 新津 藍

学歴

2007年 東京大学 理学部化学科 卒業
2009年 東京大学大学院 理学系研究科 化学専攻 修士課程 修了
2012年 東京大学大学院 理学系研究科 化学専攻 博士課程 修了

研究歴

2008年 Visiting Researcher, the Scripps Research Institute, USA
2009年 日本学術振興会特別研究員 (-2012)
2012年 Reseach Associate, University of Bristol, UK (-2016)
2016年 理化学研究所 生命システム研究センター 特別研究員 (-2017)
2017年 理化学研究所 杉田理論分子科学研究室 基礎科学特別研究員
2021年 理化学研究所 杉田理論分子科学研究室 JSPS特別研究員 (RPD)

受賞歴

2015年 Gordon Research Conference (membrane protein folding, MA, USA) ポスター賞
2017年 日本蛋白質科学会 若手奨励賞優秀賞
2017年 日本生物物理学会 若手奨励賞

所属学会

日本蛋白質科学会、日本生物物理学会、日本化学会

研究テーマ

  1. 分子動力学計算を用いた脂質二重膜内ペプチド会合過程の解明と新規膜貫通ペプチド会合体の設計への応用

出版物

Peer-reviewed journal articles

  1. Constructing ion-channels from water-soluble alpha-helical barrels.
    A.J. Scott*, A. Niitsu*, H.T. Kratochvil, E.J.M. Lang, J.T. Sengel, W.M. Dawson, K.R. Mahendran, M. Mravic, A.R. Thomson, L.R. Brady, L. Liu, A.J. Mulholland, H. Bayley, W.F. DeGrado, M.I. Wallace, and D.N. Woolfson *contributed equally
    Nat. Chem., in press
  2. De novo prediction of binders and non-binders for T4 Lysozyme by gREST simulations.
    A. Niitsu*, S. Re*, H. Oshima, M. Kamiya and Y. Sugita *contributed equally
    J. Chem. Inf. Model., 59, 3879-3888 (2019)
  3. Veratridine binding to a transmembrane helix of sodium channel Nav1.4 determined by solid-state NMR
    A. Niitsu, A. Egawa, K. Ikeda, K. Tachibana, T. Fujiwara
    Bioorg. Med. Chem., 26, 5644-5653 (2018)
  4. Conformational dynamics of asparagine at coiled-coil interfaces
    F. Thomas*, A. Niitsu*, A. Oregioni*, G. Bartlett*, and D.N. Woolfson *contributed equally
    Biochemistry, 56, 6544-6554 (2017)
  5. A monodisperse transmembrane α-helical peptide barrel
    K.R. Mahendran*, A. Niitsu*, L. Kong, R.B. Session, A. R. Thomson, D.N. Woolfson, and H. Bayley *contributed equally
    Nat. Chem., 9, 411–419 (2017)
  6. Ophiobolin O and 6-epi-ophiobolin O, two new cytotoxic sesterterpenes from the marine derived fungus Aspergillus sp
    D. Zhang, S. Fukuzawa, M. Satake, X. Li, T. Kuranaga, A. Niitsu, K. Yoshizawa, and K. Tachibana
    Nat. Prod. Commun., 7, 1411-1414 (2012)
  7. Solution NMR analysis of the binding mechanism of DIVS6 model peptides of voltage-gated sodium channels and the lipid soluble alkaloid veratridine
    A. Niitsu, T. Yamagaki, M. Harada, and K. Tachibana
    Bioorg. Med. Chem., 20, 2796-2802 (2012)
  8. Two new indole alkaloids, 2-(3,3-dimethylprop-1-ene)-costaclavine and 2-(3,3-dimethylprop-1-ene)-epicostaclavine, from the marine-derived fungus Aspergillus fumigatus
    D. Zhang, M. Satake, S. Fukuzawa, K. Sugahara, A. Niitsu, T. Shirai, and K. Tachibana
    J. Nat. Med., 66, 222-226 (2012)
  9. Conformations of 3-carboxylic esters essential for neurotoxicity in veratrum alkaloids are loosely restricted and fluctuate
    A. Niitsu, M. Harada, T. Yamagaki and K. Tachibana
    Bioorg. Med. Chem., 16, 3025–3031 (2008)

Review and protocol articles

  1. 筒形膜タンパク質を基盤とした新規ペプチドポアの設計
    新津 藍
    生物物理, 58, 211-213 (2018)
  2. 平面脂質二重膜を用いた単一チャネル電流測定法によるタンパク質・ペプチドポアのキャラクタリゼーション
    新津 藍
    蛋白質科学会アーカイブ, 10, e086 (2017)
  3. Membrane-spanning α-helical barrels as tractable protein-design targets
    A. Niitsu, J.W. Heal, K. Fauland, A.R. Thomson, D.N. Woolfson
    Phil. Trans. R. Soc. B, 372, 20160213 (2017)
  4. De novo protein design: how do we expand into the universe of possible protein structures?
    D.N. Woolfson, G.J. Bartlett, A.J. Burton, J.W. Heal, A. Niitsu, A.R. Thomson, and C.W. Wood
    Curr. Opin. Struct. Biol., 33, 16–26 (2015)