メンバー構成員

専任研究員 森 貴治

学歴

2003年 東京理科大学 理学部第一部 化学科 卒業
2005年 東京理科大学大学院 理学研究科 化学専攻 修士課程 修了
2008年 名古屋大学大学院 理学研究科 物質理学専攻 博士後期課程 修了（博士（理学））

研究歴

2008年 理化学研究所 基幹研究所 協力研究員
2011年 理化学研究所 生命システム研究センター 特別研究員
2012年 理化学研究所 生命システム研究センター 基礎科学特別研究員
2013年 米国ミシガン州立大学 生化学分子生物学科 訪問研究員
2013年 理化学研究所 杉田理論分子科学研究室 研究員
2019年 理化学研究所 杉田理論分子科学研究室 専任研究員
理化学研究所 生命機能科学研究センター・計算科学研究センター 研究員 (兼務)

教育歴

2013年 ミシガン州立大学 生化学分子生物学科 授業インストラクター (分担)
2018年 中央大学理工学部物理学科・生命科学科 兼任講師
2018年 中央大学大学院理工学研究科物理学専攻・生命科学専攻 兼任講師
2022年 近畿大学 生物理工学部 非常勤講師

受賞歴

2018年 日本蛋白質科学会 若手奨励賞優秀賞
2022年 理研栄峰賞（共同受賞）

所属学会

日本物理学会、日本化学会、日本蛋白質科学会、日本生物物理学会、分子シミュレーショ学会、アメリカ化学会、アメリカ生物物理学会

研究テーマ

  1. タンパク質のダイナミクス解析による生命機能の理解
  2. 新規シミュレーション法の開発
  3. 分子動力学計算プログラムGENESISの開発

原著論文

  1. The inherent flexibility of receptor binding domains in SARS-CoV-2 spike protein.
    H. M Dokainish, S. Re, T. Mori, C. Kobayashi, J. Jung, and Y. Sugita
    eLife, 11, e75720 (2022)
  2. Molecular dynamics simulation with a large time step for accurate thermodynamic and kinetic properties of biological systems.
    J. Jung, K. Kasahara, C. Kobayashi, H. Oshima, T. Mori, and Y. Sugita
    J. Chem. Theory Comput., 17, 5312–5321 (2021)
  3. Efficient flexible fitting refinement with automatic error fixing for de novo structure modeling from cryo-EM density maps.
    T. Mori, G. Terashi, D. Matsuoka, D. Kihara, and Y. Sugita
    J. Chem. Inf. Model., 61, 3516–3528 (2021)
  4. Elucidation of interactions regulating conformational stability and dynamics of SARS-CoV-2 S-protein.
    T. Mori, J. Jung, C. Kobayashi, H. M. Dokainish, S. Re, and Y. Sugita
    Biophys. J., 120, 1060-1071 (2021)
  5. Multi-scale flexible fitting of proteins to cryo-EM density maps at medium resolution.
    M, Kulik, T. Mori, and Y. Sugita
    Front. Mol. Biosci., 8, 631854 (2021)
  6. Atg9 is a lipid scramblase that mediates autophagosomal membrane expansion.
    K. Matoba, T. Kotani, A. Tsutsumi, T. Tsuji, T. Mori, D. Noshiro, Y. Sugita, N. Nomura, S. Iwata, Y. Ohsumi, T. Fujimoto, H. Nakatogawa, M. Kikkawa, and N. N. Noda
    Nat. Struct. Mol. Biol., 27, 1185-1193 (2020).
  7. Implicit micelle model for membrane proteins using super-ellipsoid approximation.
    T. Mori and Y. Sugita
    J. Chem. Theory Comput., 16, 711-724 (2020).
  8. Acceleration of cryo-EM Flexible Fitting for Large Biomolecular Systems by Efficient Space Partitioning.
    T. Mori, M. Kulik, O. Miyashita, J. Jung, F. Tama, Y. Sugita
    Structure, 27, 161-174 (2019).
  9. Molecular mechanisms for dynamic regulation of N1 riboswitch by aminoglycosides.
    M. Kulik, T. Mori, Y. Sugita, J. Trylska
    Nucleic Acids Research, 46, 9960-9970 (2018).
  10. Dynamics of nitric oxide controlled by protein complex in bacterial system.
    E. Terasaka, K. Yamada, P.-H. Wang, K. Hosokawa, R. Yamagiwa, K. Matsumoto, S. Ishii, T. Mori, K. Yagi, H. Sawai, H. Arai, H. Sugimoto, Y. Sugita, Y. Shiro, and T. Tosha.
    Proc. Natl. Acad. Sci., U.S.A., 114, 9888-9893 (2017).
  11. GENESIS 1.1: a hybrid-parallel molecular dynamics simulator with enhanced sampling algorithms on multiple computational platforms. C. Kobayashi, J. Jung, Y. Matsunaga, T. Mori, T. Ando, K. Tamura, M. Kamiya, and Y. Sugita.
    J. Comput. Chem., 38, 2193-2206 (2017).
  12. Discrimination of native-like states of membrane proteins with implicit membrane-based scoring functions.
    B. Dutagaci, K. Wittayanarakul, T. Mori, M. Feig.
    J. Chem. Theory Comput., 13, 3049-3059 (2017).
  13. Tunnel formation inferred from the I-form structures of the proton-driven protein secretion motor SecDF. A. Furukawa, K. Yoshikaie, T. Mori, H. Mori, Y. V. Morimoto, Y. Sugano, S. Iwaki, T. Minamino, Y. Sugita, Y. Tanaka, and T. Tsukazaki.
    Cell Rep., 19, 895-901 (2017).
  14. Flexible fitting to cryo-EM density map using ensemble molecular dynamics simulations. O. Miyashita, C. Kobayashi, T. Mori, Y. Sugita, and F. Tama.
    J. Comput. Chem., 38, 1447-1461 (2017).
  15. Biomolecular interactions modulate macromolecular structure and dynamics in atomistic model of a bacterial cytoplasm.
    I. Yu, T. Mori, T. Ando, R. Harada, J. Jung, Y. Sugita, and M. Feig.
    eLife, 5, e19274 (2016).
  16. Dimensionality of collective variables for describing conformational changes of a multi-domain protein.
    Y. Matsunaga, Y. Komuro, C. Kobayashi, J. Jung, T. Mori, and Y. Sugita.
    J. Phys. Chem. Lett., 7, 1446-1451 (2016).
  17. Crystal structures of SecYEG in lipidic cubic phase elucidate a precise resting and a peptide-bound state.
    Y. Tanaka, Y. Sugano, M. Takemoto, T. Mori, A. Furukawa, T. Kusakizako, K. Kumazaki, A. Kashima, R. Ishitani, Y. Sugita, O. Nureki, and T. Tsukazaki.
    Cell Reports, 13, 1561-1568 (2015).
  18. Complete atomistic model of a bacterial cytoplasm for integrating physics, biochemistry, and systems biology.
    M. Feig, R. Harada, T. Mori, I. Yu, K. Takahashi and Y. Sugita.
    J. Mol. Graph. Model., 58, 1-9 (2015).
  19. GENESIS: A hybrid-parallel and multi-scale molecular dynamics simulator with enhanced sampling algorithms for biomolecular and cellular simulations.
    J. Jung*, T. Mori*, C. Kobayashi, Y. Matsunaga, T. Yoda, M. Feig, and Y. Sugita.
    (*Equally contributed)
    WIREs Comput. Mol. Sci., 5, 310-323 (2015).
  20. Structural basis of Sec-independent membrane protein insertion by YidC.
    K. Kumazaki, S. Chiba, M. Takemoto, A. Furukawa, K. Nishiyama, Y. Sugano, T. Mori, N. Dohmae, K. Hirata, Y. Nakada-Nakura, A. D. Maturana, Y. Tanaka, H. Mori, Y. Sugita, F. Arisaka, K. Ito, R. Ishitani, T. Tsukazaki, and O. Nureki.
    Nature, 509, 516-520 (2014).
  21. Midpoint cell method for hybrid (MPI+OpenMP) parallelization of molecular dynamics simulations.
    J. Jung, T. Mori, and Y. Sugita.
    J. Comput. Chem., 35, 1064-1072 (2014).
  22. Surface-tension replica-exchange moleclar dynamics method for enhanced sampling of biological membrane systems.
    T. Mori, J. Jung, and Y. Sugita.
    J. Chem. Theory Comput., 9, 5629-5640 (2013).
  23. Efficient lookup table using a linear function of inverse distance squared.
    J. Jung, T. Mori, and Y. Sugita.
    J. Comput. Chem., 34, 2412-2420 (2013).
  24. Energetics of the presequence-binding poses in mitochondrial protein import through Tom20.
    Y. Komuro, N. Miyashita, T. Mori, E. Muneyuki, T. Saitoh, D. Kohda, and Y. Sugita.
    J. Phys. Chem. B, 117, 2864–2871 (2013).
  25. Analysis of lipid surface area in protein-membrane systems combining Voronoi tessellation and Monte Carlo integration methods.
    T. Mori, F. Ogushi, and Y. Sugita.
    J. Comput. Chem., 33, 286-293 (2012).
  26. Lipid recognition propensities of amino acids in membrane proteins from atomic resolution data.
    M. Morita, A. V. S. K. Krishna Mohan, S. Ahmad, T. Mori, Y. Sugita, and K. Mizuguchi.
    BMC Biophysics, 4, 21 (2011).
  27. Dynamic structure of the polytheonamide B channel studied by normal mode analysis.
    T. Mori, H. Kokubo, S. Oiki, and Y. Okamoto.
    Mol. Simul., 37, 975-985 (2011).
  28. Integrated prediction of one-dimensional structural features and their relationships with conformational flexibility in helical membrane proteins.
    S. Ahmad, Y. H. Singh, Y. Paudel, T. Mori, Y. Sugita, and K. Mizuguchi.
    BMC Bioinformatics, 11, 533 (2010).
  29. Molecular mechanisms underlying the early stage of protein translocation through the Sec translocon.
    T. Mori, R. Ishitani, T. Tsukazaki, O. Nureki, and Y. Sugita.
    Biochemistry, 49, 945-950 (2010).
  30. Folding simulations of gramicidin A into the β-helix conformations: Simulated annealing molecular dynamics study.
    T. Mori and Y. Okamoto.
    J. Chem. Phys., 131, 165103 (2009).
  31. Conformational transition of Sec machinery inferred from bacterial SecYE structures.
    T. Tsukazaki, H. Mori, S. Fukai, R. Ishitani, T. Mori, N. Dohmae, A. Perederina, Y. Sugita, D. G. Vassylyev, K. Ito, and O. Nureki.
    Nature, 455, 988-992 (2008).
  32. Estimation of dye configuration from conventional chiroptical spectra of porphyrin Integrates: Combination of exciton theory with Monte Carlo molecular structural simulation.
    T. Yamamura, T. Mori, Y. Tsuda, T. Taguchi, and N. Josha.
    J. Phys. Chem. A, 111, 2128-2138 (2007).
  33. UV-vis., CD スペクトルに基づくポルフィリン集積系の色素配向予測 -解析プログラムの作成-.
    森貴治, 山村剛士
    J. Comp. Chem., Jpn, 4, 107-118 (2005).

総説

  1. Weight average approaches for predicting dynamical properties of biomolecules.
    K. Yagi, S. Re, T. Mori, and Y. Sugita
    Curr. Opin. Struct. Biol., 72, 88-94 (2022).
  2. Overview of the “1SBA: integrative approaches towards understanding of gene expression” session at the 57th BSJ meeting.
    T. Mori and S. Sekine.
    Biophys. Rev., 12, 253-254 (2020).
  3. Molecular dynamics simulations of biological membranes and membrane proteins using enhanced conformational sampling algorithms.
    T. Mori, N. Miyashita, W. Im, M. Feig, and Y. Sugita.
    BBA-Biomembranes, 1858, 1635-1651 (2016).
  4. 膜タンパク質が触媒する物質輸送現象の分子メカニズム
    (<小特集> 計算化学).
    森貴治, 杉田有治
    シミュレーション, 30, 30-36 (2011).

解説記事

  1. 分子シミュレーションによる新型コロナウイルススパイクタンパク質の糖鎖ダイナミクスの解析
    森貴治, 杉田有治
    Glycoforum, 24, A12 (2021).
  2. 分子動力学計算に基づくクライオ電顕構造のモデリングおよび最適化
    森貴治
    構造活性相関部会ニュースレター, 41, 18-28 (2021).

書籍

  1. “膜タンパク質の全原子分子動力学シミュレーション”
    森貴治, 松永康佑, 杉田有治
    膜タンパク質工学ハンドブック, 津本浩平・浜窪隆雄 監修, 第3章 第2節, pp.142-146
  2. “スーパーコンピュータを用いた膜タンパク質の分子動力学シミュレーション”
    杉田有治, 森貴治, A. Pisliakov.
    膜タンパク質構造研究, 岩田想 編, 第26章 pp.222-229

プレスリリース

  1. 新型コロナウイルス感染の分子機構を解明－医薬品の分子設計に貢献する「富岳」による新しい知見－, 理化学研究所 (2021年2月18日)
  2. クライオ電顕像からのタンパク質構造モデリングを高速化－巨大生体分子複合体の構造解析を加速－, 理化学研究所 (2018年10月19日)
  3. 超並列分子動力学計算ソフトウェア「GENESIS」を開発－「京」を活用し巨大生体分子システムのシミュレーションを実現－, 理化学研究所 (2015年5月8日)