構成員

基礎科学特別研究員 辻村正樹

学歴

2025年 東京大学大学院 工学系研究科 先端学際工学専攻 博士課程 修了(博士(工学))
2022年 東京大学大学院 工学系研究科 応用化学専攻 修士課程 修了
2020年 東京大学 工学部 卒業

職歴

2025年4月 – 現在 基礎科学特別研究員(理化学研究所 杉田理論分子科学研究室)
2022年4月 – 2025年3月 日本学術振興会 特別研究員(DC1)

所属学会

  • 日本生物物理学会
  • 蛋白質科学会
  • 分子科学会

研究テーマ

  • Constant-pH MD法を用いた蛋白質内プロトン移動の解析

出版物

査読付き論文

  1. Stretching vibrational frequencies and pKa differences in H-bond networks of protein environments, Masaki Tsujimura, Keisuke Saito, and Hiroshi Ishikita, Biophys. J. 122, 4336–4347 (2023).
  2. Mechanism of absorption wavelength shift depending on the protonation state of the acrylate group in chlorophyll c, Masaki Tsujimura, Minaka Sugano, Hiroshi Ishikita, and Keisuke Saito, J. Phys. Chem. B 127, 505–513 (2023).
  3. Proton transfer and conformational changes along the hydrogen bond network in heliorhodopsin, Masaki Tsujimura, Yoshihiro Chiba, Keisuke Saito, and Hiroshi Ishikita, Commun. Biol. 5, 1336 (2022).
  4. Absorption wavelength along chromophore low-barrier hydrogen bonds, Masaki Tsujimura, Hiroyuki Tamura, Keisuke Saito, and Hiroshi Ishikita, iScience 25, 104247 (2022).
  5. Proton transfer pathway in anion channelrhodopsin-1, Masaki Tsujimura, Keiichi Kojima, Shiho Kawanishi, Yuki Sudo, and Hiroshi Ishikita, eLife 10, e72264 (2021).
  6. Identification of intermediate conformations in the photocycle of the light-driven sodium-pumping rhodopsin KR2, Masaki Tsujimura and Hiroshi Ishikita, J. Biol. Chem. 296, 100459 (2021).
  7. Mechanism of absorption wavelength shifts in anion channelrhodopsin-1 mutants, Masaki Tsujimura, Tomoyasu Noji, Keisuke Saito, Keiichi Kojima, Yuki Sudo, and Hiroshi Ishikita, BBA Bioenergetics 1862, 148349 (2021).
  8. Insights into the protein functions and absorption wavelengths of microbial rhodopsins, Masaki Tsujimura and Hiroshi Ishikita, J. Phys. Chem. B 124, 11819–11826 (2020).