メンバー構成員

専任研究員 八木 清

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学歴

1999年 東京大学 工学部 応用化学科 卒業
2001年 東京大学 工学系研究科 応用化学専攻 修士課程 修了
2004年 東京大学 工学系研究科 応用化学専攻 博士課程 修了 (博士(工学))

研究歴

2004年 日本学術振興会特別研究員(東京大学 総合文化研究科 広域科学専攻)
2005年 東京大学 工学系研究科 応用化学専攻 助教(- 2009年)
2005年 フロリダ大学 客員研究員
2008年 Aarhus大学 客員研究員
2009年 山梨大学 燃料電池ナノ材料研究センター 講師(- 2011年)
2011年 Research Assistant Professor, University of Illinois at Urbana-Champaign
2012年 理化学研究所 基幹研究所 杉田理論分子科学研究室 研究員
2015年 理化学研究所 杉田理論分子科学研究室 専任研究員(現在に至る)

教育歴

首都大学東京 大学院理工学研究科 非常勤講師
神戸大学 大学院理学系研究科 非常勤講師
埼玉大学 大学院理工学研究科 非常勤講師
東京工業大学 大学院総合理工学研究科 非常勤講師
京都大学 大学院理学研究科 非常勤講師

受賞歴

2015年 分子科学会奨励賞

所属学会

日本化学会、分子科学会、日本分光学会、日本蛋白質科学会、理論化学研究会

研究テーマ

  1. 複雑分子系に対する振動状態理論の開発
  2. QM/MM法の開発
  3. 生体分子系の非調和振動解析
  4. 酵素複合体の化学反応解析

出版物

  1. Amide A band is a fingerprint for water dynamics in reverse osmosis polyamide membranes. Donatas Surblys, Taro Yamada, Bo Thomsen, Tomonori Kawakami, Isamu Shigemoto, Jun Okabe, Takafumi Ogawa, Masahiro Kimura, Yuji Sugita, Kiyoshi Yagi J. Memb. Sci., DOI:10.1016/j.memsci.2019.117705 (2019).
  2. Anharmonic Vibrational Analysis of Biomolecules and Solvated Molecules Using Hybrid QM/MM Computations. Kiyoshi Yagi, Kenta Yamada, Chigusa Kobayashi, and Yuji Sugita J. Chem. Theory Comput., 15, 1924-1938 (2019).
  3. Fundamental peak disappears upon binding of a noble gas: a case of the vibrational spectrum of PtCO in an argon matrix. Yuriko Ono, Kiyoshi Yagi, Toshiyuki Takayanagi and Tetsuya Taketsugu Phys. Chem. Chem. Phys., 20, 3296-3302 (2018).
  4. Infrared Spectra of Protonated Water Clusters, H+(H2O)4, in Eigen and Zundel Forms Studied by Vibrational Quasi-Degenerate Perturbation Theory. Kiyoshi Yagi and Bo Thomsen. J. Phys. Chem. A, 121, 2386-2398 (2017).
  5. Anharmonic Vibrational Analyses of Pentapeptide Conformations Explored with Enhanced Sampling Simulations. Hiroki Otaki, Kiyoshi Yagi, Shun-ichi Ishiuchi, Masaaki Fujii, and Yuji Sugita. J. Phys. Chem. B, 120, 10199-10213 (2016).
  6. Detection of Sphingomyelin Clusters by Raman Spectroscopy. Koichiro Shirota, Kiyoshi Yagi, Takehiko Inaba, Pai-Chi Li, Michio Murata, Yuji Sugita, and Toshihide Kobayashi. Biophys. J., 111, 999-1007 (2016).
  7. A weight averaged approach for predicting amide vibrational bands of a sphingomyelin bilayer. K. Yagi, P. -C. Li, K. Shirota, T. Kobayashi and Y. Sugita, Phys. Chem. Chem. Phys., 17, 29113-29123 (2015).
  8. A simple state-average procedure determining optimal coordinates for anharmonic vibrational calculations. B. Thomsen, K. Yagi and O. Christiansen, Chem. Phys. Lett., 610-611, 288-297 (2014).
  9. Optimized coordinates in vibrational coupled cluster calculations. B. Thomsen, K. Yagi and O. Christiansen, J. Chem. Phys., 140, 154102 (2014).
  10. Vibrational quasi-degenerate perturbation theory with optimized coordinates: Applications to ethylene and trans-1,3-butadiene. K. Yagi and H. Otaki, J. Chem. Phys., 140, 084113 (2014).