メンバー構成員

特別研究員 松岳 大輔

学歴

2006年 慶應義塾大学 理工学部 物理学科 卒業
2008年 慶應義塾大学大学院 理工学研究科 基礎理工学専攻 修士課程 修了
2011年 慶應義塾大学大学院 理工学研究科 基礎理工学専攻 博士課程 修了（博士（理学））

研究歴

2011年 大阪大学大学院 理学研究科 化学専攻
ERATO村田脂質活性構造プロジェクト　特任研究員　（2016年2月まで）
2016年 理化学研究所 杉田理論分子科学研究室 特別研究員　（現在に至る）

所属学会

日本生物物理学会、日本蛋白質科学会、日本物理学会、分子シミュレーション研究会

研究テーマ

  1. 膜貫通ペプチド二量体の分子動力学シミュレーション
  2. タンパク質の水和構造解析
  3. 脂肪酸結合タンパク質の分子動力学シミュレーション

原著論文

  1. Role of the N-Terminal Transmembrane Helix Contacts in the Activation of FGFR3.
    D. Matsuoka, Motoshi Kamiya, Takeshi Sato, Yuji Sugita*
    J. Comput. Chem., DOI: 10.1002/jcc.26122 (2019).

  2. Molecular Dynamics Simulations of Heart-Type Fatty Acid-Binding Protein in Apo and Holo Forms, and Hydration Structure Analyses in the Binding Cavity.
    D. Matsuoka, S. Sugiyama, M. Murata*, S. Matsuoka*
    J. Phys. Chem. B, 119, 114-127 (2015).

  3. Water-mediated recognition of simple alkyl chains by heart-type fatty acid-binding protein.
    S. Matsuoka, S. Sugiyama, D. Matsuoka, M. Hirose, S. Lethu, H. Ano, T. Hara, O. Ichihara, S. Roy Kimura, S. Murakami, H. Ishida, E. Mizohata, T. Inoue, M. Murata*
    Angew. Chem. Int. Ed., 54, 1508-1511 (2015).

  4. Structure of the human-heart fatty-acid-binding protein 3 in complex with the fluorescent probe 1-anilinonaphthalene-8-suphonic acid.
    M. Hirose, S. Sugiyama*, H. Ishida, M. Niiyama, D. Matsuoka, T. Hara, E. Mizohata, S. Murakami, T. Inoue, S. Matsuoka, M. Murata
    J. Synchrotron Rad., 20, 923-928 (2013).

  5. Application of empirical hydration distribution functions around polar atoms for assessing hydration structures of proteins.
    D. Matsuoka, M. Nakasako*
    Chemical Physics, 419, 59-64 (2013).

  6. Prediction of Hydration Structures around Hydrophilic Surfaces of Proteins by using the Empirical Hydration Distribution Functions from a Database Analysis.
    D. Matsuoka, M. Nakasako*
    Journal of Physical Chemistry B, 114, 4652-4663 (2010).

  7. Probability distributions of hydration water molecules around polar protein atoms obtained by a database analysis.
    D. Matsuoka, M. Nakasako*
    Journal of Physical Chemistry B, 113, 11274-11292 (2009).

解説（日本語）

  1. “脂質結合タンパク質の分子認識機構　－水と油の相性は？”、
    杉山　成・原　利明・松岳大輔・松岡　茂・村田道雄
    化学、73（２月号）、23-27 (2018).

  2. “蛋白質極性原子周辺の水分子分布　－データベース解析と水和構造予測―”、
    松岳大輔、中迫雅由
    アンサンブル、 15、19-27 (2013).

  3. “生命には何故水が必要なのか－蛋白質の機能と水和構造の相関”、
    中迫雅由、松岳大輔
    応用物理、80、903-907 (2011).

書籍（日本語）

  1. “経験的水和分布関数の構築とタンパク質水和構造予測への応用”
    松岳大輔、中迫雅由、
    タンパク質結晶の最前線、杉山　成　監修、第IV編 – 第4章, pp221-229 (2013).