GENESIS Summer School 2022

1 (Mon)- 2 (Tue) August, 2022, RIKEN

概要 Summary

GENESIS (GENeralized-Ensemble SImulation System)は様々な生体分子(タンパク質、核酸、リガンド低分子など)やその複合体を対象にした分子動力学(MD)計算を行うためのソフトウェアです。「富岳」などのスーパーコンピュータによる効率的な大規模並列計算を実現できることが大きな特長です。 本サマースクールでは、GENESISを利用した分子動力学計算の理論と実践の両方を学べるよう、レクチャーおよび「富岳」での計算を実際に体験できるハンズオンチュートリアルを実施します。 初めて分子動力学計算に触れる方からより深く学びたい方、GENESISに興味をお持ちの方まで幅広い参加者を対象としています。 ふるってご参加ください。

GENESIS (GENeralised-Ensemble SImulation System) is software for molecular dynamics (MD) calculations on various biomolecules (proteins, nucleic acids, small molecules, etc.) and their complexes. A key feature of the software is its ability to realize efficient large-scale parallel computations on supercomputers such as Fugaku. In this summer school, lectures and hands-on tutorials will be held so that participants can learn both theory and practice of molecular dynamics calculations using GENESIS. A wide range of participants, from those who are new to molecular dynamics calculations to those who want to learn more deeply and are interested in GENESIS, are invited to attend. We look forward to your participation.

参加申し込み Registration

以下のフォームでX月XX日までにお申し込みください。参加費は無料です。
登録は所属先のメールアドレスをご使用ください。(gmail等の利用不可)

Please register by XXX using the form below. Participation is free of charge.
Please use the email address of your affiliation. (Gmail or other free email addresses are not accepted.)

参加資格 Qualifications

大学学部・院生、ポスドク・助教等アカデミックの若手研究者
Linuxの利用経験がある方(基本的なコマンドラインでの操作ができる方)

Undergraduate and graduate students, post-doctoral fellows, assistant professors and other young researchers in academia
Linux users (able to use basic command-line operations)

場所 Venue

オンライン online(Zoom)

プログラム Program

本サマースクールは全員で受講する分子動力学計算の基礎・発展知識のレクチャーと実際にプログラムを動かして計算するハンズオンチュートリアルで構成されています。ハンズオンチュートリアルでは基礎編と発展編を参加者のみなさんに選んでいただき、Zoomのブレイクアウトルームを利用していくつかのグループに分かれて実施します。

This summer school consists of lectures on basic and advanced knowledge of molecular dynamics calculations and hands-on tutorials where participants actually run the programme and perform calculations. In the hands-on tutorials, participants can choose between basic and advanced topics and are divided into several groups using the Zoom breakout room.

8月1日(月)

9:45 Zoom open
10:00 – 10:10 Opening remarks
10:10 – 10:40 Lecture 1 (Kobayashi)
Break
10:50 – 11:20 Lecture 2 (Niitsu)
11:20 – 11:50 Lecture 3 (Hisham)
Lunch break
13:00 – 14:30 Hands-on tutorial
Break
14:45 – 16:15 Hands-on tutorial
16:15 – 17:00 Free discussion

8月2日(火)

10:00 – 11:00 Lecture 4 (Yagi)
Break
11:10 – 12:10 Lecture 5 (Mori)
Lunch break
13:00 – 14:30 Hands-on tutorial
Break
14:45 – 16:15 Hands-on tutorial
16:15 – 17:00 Free discussion

使用コンピュータ要件 Computers

「富岳」へはssh、公開鍵認証を用いて接続を行います。sshが利用できるターミナルソフトウェア(Windowsの場合はputty, PowerShell, WSL等)、公開鍵作成のソフトウェアをあらかじめご用意ください。接続できない場合は実習ができませんので必ず事前にご準備をお願いします。

Please prepare in advance terminal software that can use ssh (e.g. putty, PowerShell, WSL, etc. for Windows) and software for creating public keys. If you cannot connect, you will not be able to participate in the practical training, so please make sure to have them on your computer.

基礎知識について Prior knowledge

分子動力学計算に関わる物理・化学的知識は必須ではありません。「富岳」での実習ではLinuxの基本的なコマンド(cd, ls, cp, vi\emacs, tar等)を使用します。

Knowledge of the physics and chemistry involved in molecular dynamics calculations is not required. Basic Linux commands (e.g. cd, ls, cp, vi/emacs, tar, etc.) are used in the hands-on tutorials on ‘Fugaku’.

使用言語 Language

日本語および英語 Japanese and English

世話人 Organizers

杉田有治, 八木清, Weitong Ren, Hisham Dokainish, 新津藍 (理化学研究所,杉田理論分子科学研究室)
Yuji Sugita, Kiyoshi Yagi, Weitong Ren, Hisham Dokainish, Ai Niitsu (Theoretical Molecular Science Lab, Riken)

理化学研究所 計算科学研究センター
RIKEN R-CCS

共催 Co-organizers

「学術変革研究A(クロススケール新生物学)、富岳成果創出加速課題(細胞内分子動態)、理化学研究所独創的研究課題(細胞内環境の生物学)」
理化学研究所 計算科学研究センター

問い合わせ先 Contact

特定国立研究開発法人理化学研究所 開拓研究本部 杉田理論分子科学研究室
〒351-0198埼玉県和光市広沢2-1

RIKEN CPR Theoretical Molecular Science Laboratory
2-1 Hirosawa, Wako, Saitama
351-0198 Japan

Tel: 048-462-1407
Email: ai.niitsu [at] riken.jp (新津宛、atを@へ変更してください To Ai Niitsu, change “at” to “@”)